由于李宗盛与前妻的两个女儿也在台湾，这样，林忆莲就成了三个孩子的母亲。为了料理家务，照顾好孩子，林忆莲逐渐淡出歌坛，过着几乎隐退的生活。
2000年，李宗盛与滚石唱片公司合约期满，他没有再续约。也就是从这时候起，曾经领导港台流行音乐新潮流的李宗盛，事业开始走下坡路，其经济条件也今非昔比，媒体评价他"江郎才尽".李宗盛的心情不免有些郁闷。
在北京，李宗盛加盟太和麦田音乐公司，出任音乐总监，林忆莲依然在全国各地演出。2003年初，林忆莲准备这年5月1日在北京举行个人演唱会，没想到一场突如其来的"非典",使这个计划破产了。她只得把演唱会转移到香港，这年6月，"林忆莲个人演唱会"在香港红馆举行，这次歌迷的反响十分热烈。她又找到了昔日歌坛天后的感觉。
这次演唱会的成功举办，成了林忆莲歌唱事业的转折点，同时也坚定了她在香港发展的决心。
李宗盛得知妻子的想法后，劝她打消留在香港的念头，来北京和自己一起奋斗。而林忆莲则希望丈夫能回到香港。两人的奋斗方向南辕北辙，他们谁也说服不了谁。无奈之际，两人又开始了第二次分居。
也许因为林忆莲上升而李宗盛下降，而且两人都很忙，夫妻俩几乎没有见面，两人之间心灵的距离在渐渐拉大。这时，媒体开始炒作李宗盛与一个女歌手的绯闻，林忆莲在电话里质问丈夫，这是怎么回事？李宗盛反问她，这是媒体的炒作，你难道还不明白？尽管林忆莲相信丈夫是清白的，但这件事还是在她心头留下了阴影。
长久的分离和缺少夫妻间必要的沟通与交流，使林忆莲和李宗盛的心开始朝着相反的方向前进。而林忆莲事业的再度崛起，也让李宗盛感到了很大的压力。这种反差使他的心情越来越郁闷和落寞。